Kits DLS Alfamart dan Logo Terbaru Perusahaan ini didirikan pada tahun 1989 oleh Djoko Susanto dengan bisnis di bidang perdagangan dan distribusi berbagai macam produk. Sepuluh tahun kemudian, perusahaan ini beralih ke bisnis pengoperasian minimarket. Pada tahun 2002, perusahaan ini mengakuisisi 141 gerai Alfaminimart dan mengubah nama gerai-gerai tersebut menjadi “Alfamart”. Pada tahun 2009, perusahaan ini resmi melantai di Bursa Efek Indonesia.
Pada tahun 2012, perusahaan ini mendirikan Sumber Indah Lestari agar dapat berbisnis di bidang kesehatan dan kecantikan. Pada tahun 2013, perusahaan ini mulai mengakuisisi saham Midi Utama Indonesia serta mendirikan Alfamart Retail Asia. Pada tahun 2014, bersama SM Investments Corporation, Alfamart Retail Asia mendirikan sebuah perusahaan patungan bernama Alfamart Trading Philippines agar dapat mengembangkan merek Alfamart di Filipina.
Perusahaan ini kemudian juga mengakuisisi mayoritas saham Midi Utama Indonesia. Pada tahun 2015, perusahaan ini mendirikan Sumber Trijaya Lestari agar dapat menyediakan layanan e-commerce dengan nama "Alfacart". Pada tahun 2016, perusahaan ini meluncurkan AlfaMind, gerai virtual pertama di Indonesia dengan teknologi augmented reality.
Salah satu gerai Alfamart di Manila, Filipina
Alfamart Trading Philippines kemudian juga membuka gerai pertamanya di Filipina, tepatnya di Trece Martires Pada tahun 2017, perusahaan ini mendirikan Sumber Wahana Sejahtera agar dapat menyediakan layanan pengiriman paket. Pada tahun 2019, perusahaan ini meluncurkan aplikasi Alfagift untuk memudahkan pengguna dalam mengetahui promosi yang sedang diadakan.
Perusahaan ini kemudian juga mengakuisisi 75% saham Global Loyalti Indonesia. Pada tanggal 11 November 2020, Alfamart Trading Philippines meresmikan gerai minimarketnya yang ke-1000, yakni di Tagum .Alfamart Trading Philippines pun berencana terus menambah jumlah gerai minimarketnya di Filipina, terutama di Cebu, Davao, Cagayan de Oro, dan Zamboanga.
